Pomimo całej swojej dokładności i wykorzystywaniu skomplikowanych technik radary są również bardzo podatne na zakłócenia. Żadne urządzenie elektryczne nie jest idealne, zwłaszcza te, które, mają wiele lat i wymagają dalszej pracy naukowców i inżynierów, którzy pomogliby zwiększyć dokładność i odporność na zakłócenia. Wśród przeszkód stających na drodze prawidłowemu funkcjonowaniu tych mechanizmów wyróżniamy przede wszystkim zakłócenia pasywne oraz zakłócenia aktywne.
Zakłócenia pasywne występują często wbrew woli zarówno kontrolującego radar, jak i osoby kontrolowanej. To na przykład niekorzystne warunki atmosferyczne, jak opady, burze, czy zwierzęta, na przykład przelatujące przez obszar kontrolowany ptaki. Jedynie odpowiednia synchronizacja odbiornika i nadajnika są w stanie zniwelować zakłócenia pasywne w pewnym stopniu, jednak trudno mówić o ich całkowitej likwidacji. Co ciekawsze, źródło zakłócenie jednych radarów, może być jednocześnie cenną informacją dla innych, zajmujących się innego rodzaju pomiarami (na przykład chmury burzowe są korzystne tylko dla radarów meteo). Natomiast zakłócenia aktywne spowodowane są działaniem siły zewnętrznych, celowym lub czasami przypadkowym. Celowe zakłócenie pracy radarów wykorzystuje falę elektromagnetyczną, przypadkowe może wiązać się z funkcjonowaniem na tej samej częstotliwości, na przykład prace radarów meteorologicznych często zakłócają domowe sygnały WIFI, dlatego często Instytuty wykorzystujące takie radary proszą mieszkańców okolicznych domów o nie zajmowanie określonej częstotliwości w celu ułatwienia pracy maszyny.